ENGSO hat eine EU Arbeitsgruppe eingerichtet, um EU-Aktivitäten in Kooperation mit dem ENGSO Vorstand zu konzipieren und umzusetzen. Außerdem bereitet die EU Arbeitsgruppe die EU Seminare vor der Generalversammlung und dem Forum vor. Die EU Arbeitsgruppe besteht gegenwärtig aus zehn Mitgliedern, die von den nationalen Sportverbänden in die Arbeitsgruppe entsandt werden und trifft sich zirka fünf Mal jährlich. Die EU Arbeitsgruppe wird zurzeit von Michael Trinker, BSO-Vertreter im EOC EU Büro, geleitet.
Im ersten Halbjahr 2009 wurde das ENGSO Manifest „Sport for an Active and Competitive Europe“ und der sportpolitische Fragenkatalog an die EU-Parteien erarbeitet. Überdies wird das EU-weite Diskussionsprojekt EU:SPORT:FUTURE über die Zukunft des Sports in der EU umgesetzt.